Skierniewice: Sukcesywne usługi sekwencjonowania DNA oraz syntezy oligonukleotydów do realizacji projektu pt. Polskie szczepy Trichoderma w ochronie roślin i zagospodarowaniu odpadów organicznych nr umowy UDA-POIG.01.03.01-00-129/09-04, z dnia 15.09.2009 r
Numer ogłoszenia: 139600 - 2012; data zamieszczenia: 30.04.2012
OGŁOSZENIE O UDZIELENIU ZAMÓWIENIA - Usługi

Zamieszczanie ogłoszenia: obowiązkowe.

Ogłoszenie dotyczy: zamówienia publicznego.

Czy zamówienie było przedmiotem ogłoszenia w Biuletynie Zamówień Publicznych: tak, numer ogłoszenia w BZP: 107322 - 2012r.

Czy w Biuletynie Zamówień Publicznych zostało zamieszczone ogłoszenie o zmianie ogłoszenia: nie.

SEKCJA I: ZAMAWIAJĄCY

I. 1) NAZWA I ADRES: Instytut Ogrodnictwa, ul. Konstytucji 3 Maja 1/3, 96-100 Skierniewice, woj. łódzkie, tel. 46 833 20 21, faks 46 833 32 28.

I. 2) RODZAJ ZAMAWIAJĄCEGO: Inny: Instytut Badawczy.

SEKCJA II: PRZEDMIOT ZAMÓWIENIA

II.1) Nazwa nadana zamówieniu przez zamawiającego: Sukcesywne usługi sekwencjonowania DNA oraz syntezy oligonukleotydów do realizacji projektu pt. Polskie szczepy Trichoderma w ochronie roślin i zagospodarowaniu odpadów organicznych nr umowy UDA-POIG.01.03.01-00-129/09-04, z dnia 15.09.2009 r.

II.2) Rodzaj zamówienia: Usługi.

II.3) Określenie przedmiotu zamówienia: Przedmiotem zamówienia jest sukcesywne świadczenie usług sekwencjonowania DNA oraz syntezy oligonukleotydów w następujący sposób: SEKWENCJONOWANIE METODĄ SANGERA: Zamówienie podlega na sekwencjonowaniu DNA mikrooganizmów z zastosowaniem sekwenatorów firmy Applied Biosystems na płytkach 96 dołkowych oraz w probówkach przygotowanych przez Zamawiającego. Standardowa długość odczytów 500-800 nukleotydów (z możliwością odczytów extra long o długości 1000-1100 nukleotydów na kapilarach 80 cm w zależności od jakości matrycy). Matryce wraz ze starterami będą wysyłane pocztą kurierską na koszt Wykonawcy (min. ilość próbek w jednej przesyłce - 10 szt.). Opis próbek do sekwencjonowania (płytki i probówki) za pośrednictwem skrytpu znajdującego się na stronie internetowej Wykonawcy. Wyniki reakcji sekwencjonowania i rozdziału elektroforetycznego będą umieszczone przez Wykonawcę na jego stronie internetowej w formie pliku tekstowego i fluorogramu w formacie .abi otwieranego przez program FinchTV i Chromas. Zamawiający będzie posiadał na stronie swoje indywidualne konto z hasłem znanym tylko Zamawiającemu i Wykonawcy. Czas wykonania zlecenia do 2 dni roboczych od daty i godziny przekazania próbek (matryca i startery) do sekwencjonowania przez Zamawiającego kurierowi wyznaczonemu przez Wykonawcę, a zamówionemu przez Zamawiającego. Reklamacje będą zgłaszane drogą elektroniczną przez Zamawiającego. Wykonawca będzie potwierdzał mailowo przyjęcie reklamacji. W przypadku błędów Wykonawcy, zlecenie zostanie bezpłatnie wykonane ponownie w jak najkrótszym czasie, nie dłuższym jednak niż 2 dni robocze. Zamawiający zastrzega sobie prawo do zmniejszenia (lub zwiększenia) ilości jednej usługi na konto innej bez przekraczania zaoferowanej przez Wykonawcę całkowitej wartości zamówienia. SYNTEZA OLIGONUKLEOTYDÓW: Przedmiotem zamówienia jest synteza oligonukleotydów standardowych w skalach 20, 40 i 200 nmol. Poszczególne oligonukleotydy o konkretnej sekwencji będą zamawiane sukcesywnie przez skrypt na polskojęzycznej stronie internetowej Wykonawcy. Oligonukleotydy będą mieścić się w długości między 15 a 80 nukleotydów. Czas dostawy max. 72 h (dni robocze) liczony od momentu złożenia zamówienia przez skrypt internetowy w godz. 8:00 - 18:00 (oligonukleotydy zamówienie po 18:00 będą miały naliczany czas realizacji zamówienia od 8:00 dnia następnego). Koszty za przesyłki kurierskie będzie ponosił Wykonawca. Dostawa oligonukleotydów standardowo w formie zliofilizowanej z informacją w jakiej objętości należy zawiesić otrzymany liofilizat, aby uzyskać stężenie 100 ?M. Dla wybranych zamówień musi istnieć możliwość otrzymywania oligonukleotydów zawieszonych w wodzie (prośba będzie zaznaczana w polu uwagi podczas składania danego zamówienia). Na stronie Wykonawcy Zamawiający będzie posiadał spersonalizowane konto opatrzone hasłem, za którego pośrednictwem będzie składał zamówienia oraz będzie miał możliwości śledzenia historii wszystkich zamówień i faktur. SEKWENCJONOWANIE GENOMOWE NGS: Sekwencjonowanie z przygotowaniem biblioteki losowych fragmentów DNA: Usługa obejmuje wykonanie sekwencjonowania całkowitego DNA wyizolowanego z próbki gleby na sekwenatorze GS Junior w technologii 454 Titanium. Zamawiający dostarczy Wykonawcy DNA oczyszczone standardowymi metodami biologii molekularnej w ilości nie mniejszej niż 1500 ng w jednej próbce. Sumaryczna ilość odczytanych zasad z jednego sekwencjonowania to 35 - 55 mln nukleotydów w około 100 tys. odczytów zestawionych w kontigi. Średnia długość pojedynczego odczytu to 400 zasad. Uzyskane zbiory wynikowe w postaci wygenerowanych automatycznie kontigów sekwencji DNA oraz plików wynikowych zostaną przekazane Zleceniodawcy w ciągu maksymalnie 7 dni roboczych od momentu dostarczenia DNA w wymaganej ilości do siedziby Wykonawcy. Sekwencjonowanie z przygotowaniem barkodowanej biblioteki amplifikowanych fragmentów DNA: Usługa obejmuje barkodowanie (znakowanie za pomocą swoistych sekwencji adaptorowych) produktu PCR lub stechiometrycznych mieszanin produktów PCR oraz ich sekwencjonowanie na sekwenatorze GS Junior w technologii 454 Titanium. Zamawiający dostarczy Wykonawcy niezmieszane fragmenty DNA (produkty PCR) oczyszczone z żelu, standardowymi metodami biologii molekularnej, w ilości nie mniejszej niż 100 ng każdy. Sumaryczna ilość odczytanych zasad z jednego sekwencjonowania to 35 - 55 mln nukleotydów w 70 tys. odczytów zestawionych w kontigi. Średnia długość pojedynczego odczytu to 400 zasad. Uzyskane zbiory wynikowe w postaci wygenerowanych automatycznie kontigów sekwencji DNA oraz plików wynikowych zostaną przekazane Zleceniodawcy w ciągu maksymalnie 7 dni roboczych od momentu dostarczenia DNA w wymaganej ilości do siedziby Wykonawcy . Szczegółowy zakres praw i obowiązków związanych z realizacją zamówienia określa wzór umowy stanowiący załącznik do SIWZ.

II.4) Wspólny Słownik Zamówień (CPV): 73.11.10.00 - Laboratoryjne usługi badawcze .

SEKCJA III: PROCEDURA

III.1) TRYB UDZIELENIA ZAMÓWIENIA: Przetarg nieograniczony

III.2) INFORMACJE ADMINISTRACYJNE

• Zamówienie dotyczy projektu/programu finansowanego ze środków Unii Europejskiej: tak, projekt/program: Zamówienie finansowane jest ze środków projektu pt. Polskie szczepy Trichoderma w ochronie roślin i zagospodarowaniu odpadów organicznych, nr umowy UDA-POIG.01.03.01-00-129/09-04, z dnia 15.09.2009 r. Projekt współfinansowany przez Unię Europejską z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Działania 1.3 Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka 2007 - 2013, Poddziałanie 1.3.1.

SEKCJA IV: UDZIELENIE ZAMÓWIENIA

Część NR: 1   

Nazwa: Sukcesywne usługi sekwencjonowania DNA oraz syntezy oligonukleotydów do realizacji projektu pt. Polskie szczepy Trichoderma w ochronie roślin i zagospodarowaniu odpadów organicznych nr umowy UDA-POIG.01.03.01-00-129/09-04, z dnia 15.09.2009 r

IV.1) DATA UDZIELENIA ZAMÓWIENIA: 24.04.2012.

IV.2) LICZBA OTRZYMANYCH OFERT: 1.

IV.3) LICZBA ODRZUCONYCH OFERT: 0.

IV.4) NAZWA I ADRES WYKONAWCY, KTÓREMU UDZIELONO ZAMÓWIENIA:

• GENOMED S. A., ul. Ponczowa 12, 02-971 Warszawa, kraj/woj. mazowieckie.

IV.5) Szacunkowa wartość zamówienia (bez VAT): 40096,00 PLN.

IV.6) INFORMACJA O CENIE WYBRANEJ OFERTY ORAZ O OFERTACH Z NAJNIŻSZĄ I NAJWYŻSZĄ CENĄ

• Cena wybranej oferty: 49313,16

• Oferta z najniższą ceną: 49313,16 / Oferta z najwyższą ceną: 49313,16

• Waluta: PLN.