Skierniewice: Sukcesywne usługi sekwencjonowania DNA i transkryptomów oraz syntezy oligonukleotydów
Numer ogłoszenia: 218490 - 2013; data zamieszczenia: 06.06.2013
OGŁOSZENIE O UDZIELENIU ZAMÓWIENIA - Usługi

Zamieszczanie ogłoszenia: obowiązkowe.

Ogłoszenie dotyczy: zamówienia publicznego.

Czy zamówienie było przedmiotem ogłoszenia w Biuletynie Zamówień Publicznych: tak, numer ogłoszenia w BZP: 195432 - 2013r.

Czy w Biuletynie Zamówień Publicznych zostało zamieszczone ogłoszenie o zmianie ogłoszenia: nie.

SEKCJA I: ZAMAWIAJĄCY

I. 1) NAZWA I ADRES: Instytut Ogrodnictwa, ul. Konstytucji 3 Maja 1/3, 96-100 Skierniewice, woj. łódzkie, tel. 46 833 20 21, faks 46 833 32 28.

I. 2) RODZAJ ZAMAWIAJĄCEGO: Inny: Instytut Badawczy.

SEKCJA II: PRZEDMIOT ZAMÓWIENIA

II.1) Nazwa nadana zamówieniu przez zamawiającego: Sukcesywne usługi sekwencjonowania DNA i transkryptomów oraz syntezy oligonukleotydów.

II.2) Rodzaj zamówienia: Usługi.

II.3) Określenie przedmiotu zamówienia: Przedmiotem zamówienia jest: sukcesywne świadczenie usług sekwencjonowania DNA i transkryptomów oraz syntezy oligonukleotydów. SEKWENCJONOWANIE METODĄ SANGERA: Przedmiotem zamówienia jest sekwencjonowanie DNA mikrooganizmów z zastosowaniem sekwenatorów firmy Applied Biosystems w probówkach przygotowanych przez Zamawiającego. Standardowa długość odczytów 500-800 nukleotydów (z możliwością odczytów extra long o długości 1000-1100 nukleotydów w zależności od jakości matrycy). Matryce wraz ze starterami będą wysyłane pocztą kurierską na koszt Wykonawcy (min. ilość próbek w jednej przesyłce - 10 szt.). Opis próbek do sekwencjonowania (płytki i probówki) za pośrednictwem skryptu znajdującego się na stronie internetowej Wykonawcy. Wyniki reakcji sekwencjonowania i rozdziału elektroforetycznego będą umieszczane przez Wykonawcę na jego stronie internetowej w formie pliku tekstowego i fluorogramu w formacie .abi otwieranego przez program np. FinchTV i Chromas. Wykonawca utworzy dla Zamawiającego na swojej stronie swoje indywidualne konto z hasłem znanym tylko Zamawiającemu i Wykonawcy. Po umieszczenia wyników na stronie internetowej Wykonawca będzie wysyłał do Zamawiającego e-mail z informacją o możliwości odebrania wyników. Czas wykonania zlecenia do 2 dni roboczych od daty i godziny przekazania próbek (matryca i startery) do sekwencjonowania przez Zamawiającego kurierowi wyznaczonemu przez Wykonawcę. Reklamacje będą zgłaszane drogą elektroniczną przez Zamawiającego. Wykonawca ma obowiązek potwierdzenia ich przyjęcia. W przypadku błędów Wykonawcy, zlecenie zostanie bezpłatnie wykonane ponownie w jak najkrótszym czasie, nie dłuższym jednak niż 2 dni robocze. SYNTEZA OLIGONUKLEOTYDÓW: Przedmiotem zamówienia jest synteza oligonukleotydów standardowych w skali 20 nmol. Poszczególne oligonukleotydy o konkretnej sekwencji będą zamawiane sukcesywnie przez skrypt na polskojęzycznej stronie internetowej Wykonawcy. Oligonukleotydy muszą mieścić się w długości między 15 a 80 nukleotydów. Czas dostawy do 3 dni roboczych liczony od momentu złożenia zamówienia przez skrypt internetowy w godz. 8:00 - 18:00 (oligonukleotydy zamówienie po 18:00 będą miały naliczany czas realizacji zamówienia od 8:00 dnia następnego). Dostawa oligonukleotydów standardowo w formie zliofilizowanej z informacją w jakiej objętości należy zawiesić otrzymany liofilizat, aby uzyskać stężenie 100 ?M. Dla wybranych zamówień musi istnieć możliwość otrzymywania oligonukleotydów zawieszonych w wodzie (prośba będzie zaznaczana w polu uwagi podczas składania danego zamówienia szczegółowego). Na stronie Wykonawcy Zamawiający będzie posiadał spersonalizowane konto opatrzone hasłem, za którego pośrednictwem będzie składał zamówienia oraz będzie miał możliwość śledzenia historii wszystkich zamówień i faktur. SEKWENCJONOWANIE 10 TRANSKRYPTOMÓW BAKTERYJNYCH W DWÓCH POWTÓRZENIACH Z OPRACOWANIEM WYNIKÓW: Usługa obejmuje: 1) Przygotowanie bibliotek do sekwencjonowania (w dwóch powtórzeniach) na podstawie otrzymanej próbki RNA o zmniejszonej ilości rRNA. Dostarczona ilość RNA nie będzie mniejsza niż 100 ng. Przygotowane biblioteki mają umożliwić sekwencjonowanie zarówno transkryptów genów jak i frakcji małych RNA (50-200 zasad). W przypadku gdy genom badanego szczepu będzie nieznany lub bardzo odmienny od sekwencji referencyjnej usługa powinna obejmować także przygotowanie biblioteki fragmentów losowych (ang. shotgun) DNA genomowego. 2) Sekwencjonowanie przez syntezę (w dwóch powtórzeniach) ze sparowanymi odczytami o długości 250 zasad. W przypadku sekwencjonowania biblioteki DNA genomowego wymagana jest minimalne średnie pokrycie na poziomie 50x. 3) Opracowanie wyników sekwencjonowania NGS: - złożenie de novo genomu badanej bakterii do kontigów oraz ich annotacje (jeżeli wymagane przez Zamawiającego) - określenie profilu ekspresji genów zarówno przy znanej jak i nieznanej sekwencji genomu, - analiza profili ekspresji różnych próbek z możliwością przedstawienia wyników w tabelach według specyfikacji Zamawiającego, - wytypowanie genów o statystycznie znaczącej różnicy ekspresji w dwóch różnych próbkach za pomocą narzędzi pakietu R/Bioconductor edgeR oraz/lub DESeq (w tym analiza jakościowa oraz wizualne przedstawienie wyników), - annotacje genów terminami ontologicznymi z bazy danych Gene Onthology oraz dostępnymi informacjami na temat ścieżek metabolicznych z bazy danych KEGG. Czas wykonania - do 10 dni roboczych od momentu przekazania próbki do Wykonawcy. Zamawiający będzie przesyłał próbki pojedynczo. Zamawiający zastrzega, że wyszczególnione w tabeli ilości zamawianych usług są planowane i mogą ulec zmianie w trakcie realizacji umowy (zmniejszeniu/zwiększeniu w poszczególnych pozycjach do wysokości 20% planowanej ilości) bez przekraczania maksymalnej wartości przedmiotu zamówienia.

II.4) Wspólny Słownik Zamówień (CPV): 73.11.10.00 - Laboratoryjne usługi badawcze .

SEKCJA III: PROCEDURA

III.1) TRYB UDZIELENIA ZAMÓWIENIA: Przetarg nieograniczony

III.2) INFORMACJE ADMINISTRACYJNE

• Zamówienie dotyczy projektu/programu finansowanego ze środków Unii Europejskiej: nie

SEKCJA IV: UDZIELENIE ZAMÓWIENIA

IV.1) DATA UDZIELENIA ZAMÓWIENIA: 05.06.2013.

IV.2) LICZBA OTRZYMANYCH OFERT: 1.

IV.3) LICZBA ODRZUCONYCH OFERT: .

IV.4) NAZWA I ADRES WYKONAWCY, KTÓREMU UDZIELONO ZAMÓWIENIA:

• GENOMED S.A., ul. Ponczowa 12, 02-971 Warszawa, kraj/woj. mazowieckie.

IV.5) Szacunkowa wartość zamówienia (bez VAT): 145275,00 PLN.

IV.6) INFORMACJA O CENIE WYBRANEJ OFERTY ORAZ O OFERTACH Z NAJNIŻSZĄ I NAJWYŻSZĄ CENĄ

• Cena wybranej oferty: 119617,50

• Oferta z najniższą ceną: 119617,50 / Oferta z najwyższą ceną: 119617,50

• Waluta: PLN.